Amazon, Google Werben Sie mit Ihrer DNA in die Cloud

Amazon, Google Werben Sie mit Ihrer DNA in die Cloud
Diese Geschichte erschien ursprünglich auf Reuters Amazon.com Inc läuft gegen Google Inc., um Daten über menschliche DNA zu speichern prahlen damit, Wissenschaftlern zu helfen, neue medizinische Entdeckungen zu machen und Marktanteile in einem Geschäft zu gewinnen, das bis 2018 jährlich eine Milliarde Dollar wert sein könnte.
Diese Geschichte erschien ursprünglich auf Reuters

Amazon.com Inc läuft gegen Google Inc., um Daten über menschliche DNA zu speichern prahlen damit, Wissenschaftlern zu helfen, neue medizinische Entdeckungen zu machen und Marktanteile in einem Geschäft zu gewinnen, das bis 2018 jährlich eine Milliarde Dollar wert sein könnte.

Akademische Einrichtungen und Unternehmen im Gesundheitswesen entscheiden sich für ihre Cloud-Computing-Angebote - Google Genomics oder Amazon Web Services - Angespornt von den beiden, sich gegenseitig zu gewinnen, wie sie hochkarätige Genomik-Geschäft gewinnen, nach Interviews mit Forschern, Industrie-Consultants und Analysten.

Dieses Wachstum wird unter anderem durch den Vorstoß für personalisierte Medizin angetrieben, die zielt darauf ab, Behandlungen auf das DNA-Profil eines Patienten zu basieren. Um dies zu erreichen, werden enorme Datenmengen benötigt, um zu zeigen, wie bestimmte genetische Profile auf unterschiedliche Behandlungen reagieren.

Universitäten und Arzneimittelhersteller beginnen bereits Projekte, um die Genome von Hunderttausenden von Menschen zu sequenzieren. Das menschliche Genom ist die vollständige Ergänzung von DNA oder genetischem Material, von dem eine Kopie in fast jeder Zelle des Körpers gefunden wird.

Kunden sehen Google und Amazon so, dass sie Genomdaten besser speichern können als mit ihren eigene Computer, sie sicher zu halten, Kosten zu kontrollieren und einfach zu teilen.

Die Cloud-Unternehmen gehen über den Speicher hinaus, um analytische Funktionen anzubieten, mit denen Wissenschaftler DNA-Daten interpretieren können. Microsoft Corp. und International Business Machines konkurrieren ebenfalls um ein Stück vom Markt. Die "Cloud" bezieht sich auf Daten oder Software, die sich physisch in einem Server befinden und über das Internet zugänglich sind, so dass Benutzer auf sie zugreifen können, ohne sie auf ihren eigenen Computer herunterladen zu müssen.

Weltweit geschätzte 100 bis 300 Millionen US-Dollar Der Cloud-Genomics-Markt soll bis 2018 auf 1 Milliarde US-Dollar wachsen, sagte Analyst Daniel Ives von der Investmentbank FBR Capital. Zu diesem Zeitpunkt sollte der gesamte Cloud-Markt einen Jahresumsatz von 50 bis 75 Milliarden Dollar haben, jetzt von rund 30 Milliarden Dollar.

"Die Cloud ist die gesamte Zukunft dieses Feldes", sagte Craig Venter, der in den 1990er Jahren eine private Initiative zur Sequenzierung des menschlichen Genoms leitete, in einem Interview. Seine neue Firma, die in San Diego ansässige Firma Human Longevity Inc., hat kürzlich versucht, genomische Daten von Servern am J. Craig Venter Institut in Rockville, Maryland, zu importieren.

Die Übertragung war so langsam, dass die Wissenschaftler Platten und Daumen schicken mussten fährt mit FedEx und menschlichen Boten oder "Sneakernet", sagte er. Das Unternehmen verwendet nun Amazon Web Services.

Dies geschieht durch eine Kooperation zwischen Regeneron Pharmaceuticals Inc. und dem in Pennsylvania ansässigen Unternehmen Geisinger Health Systems zur Sequenzierung von 250.000 Genomen. Roh-DNA-Daten werden in die Cloud von Amazon hochgeladen, wo Software aus privat gehaltenem DNAnexus die Millionen von Brocken in dem vollständigen, 3 Milliarden langen Genom zusammenfügt.

DNAnexus 'Algorithmen bestimmen dann, wo sich ein einzelnes Genom von der "Referenz" unterscheidet. Das menschliche Genom, sagte der Chefwissenschaftler des Unternehmens, Dr. David Shaywitz, in der Hoffnung, neue Targets für Medikamente zu finden.

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Zeigt, wie wichtig Google und Amazon dieses Geschäft betrachten und wie sie bestehende Kunden anlocken wollen zukünftige, jede beherbergt bekannte Genomics-Datensätze kostenlos.

Keines der Unternehmen gibt die Menge der Genomdaten bekannt, die es enthält, sondern basiert auf Interviews mit Analytikern und Genomikern sowie auf den Ankündigungen der Unternehmen, welche Kunden sie haben habe gewonnen, Amazon Web Services könnte größer sein.

Daten aus dem "1000 Genomes Project", einem internationalen öffentlich-privaten Versuch, der genetische Variationen in mindestens 1 Prozent der Menschen gefunden hat, leben sowohl bei Amazon als auch bei Google "ohne Anklage", sagte Kathy Cravedi von den US National Institutes of Health (NIH), einer der Sponsoren des Projekts.

Andere zahlende Kunden mit einem spezifischeren Schwerpunkt wählen die Seite.

Google zum Beispiel gewann ein Projekt der Autism Speaks-Stiftung zur Sammlung und Analyse der Genome von 10.000 betroffenen Kindern und deren Eltern auf Hinweise zur genetischen Grundlage von Autismus.

Ein weiterer Kunde ist Tute Genomics, dessen Datenbank mit 8,5 Milliarden menschlichen DNA-Varianten durchsucht werden kann wie häufig eine bestimmte Variante auftritt, mit welchen Merkmalen sie assoziiert wird und wie Menschen mit einer bestimmten Variante auf bestimmte Medikamente reagieren.

Amazon veranstaltet das Projekt der Multiple Myeloma Foundation, um Genomsequenzen und andere Daten von 1.000 Patienten zu sammeln, um neue zu identifizieren Drogen Ziele. Es hat auch das Alzheimer Disease Sequencing Project gewonnen, das ähnliche Ziele verfolgt.

Amazon verlangt monatlich zwischen $ 4 und $ 5, um ein vollständiges menschliches Genom zu speichern, und Google etwa $ 3 bis $ 5 pro Monat. Die Unternehmen verlangen auch Datentransfer oder Rechenzeit, wenn Wissenschaftler analytische Software mit gespeicherten Daten betreiben.

Das Datenbankanalyse-Tool Redshift von Amazon kostet 25 Cent pro Stunde oder 1.000 Dollar pro Terabyte pro Jahr, so das Unternehmen. Ein Terabyte ist 1 Billion Byte oder 1.000 Gigabyte, ungefähr genug, um 300 Stunden hochqualitatives Video zu speichern.

Genetic Gold

Ein weiterer Teil der Cloud-Dienste für potenzielle Kunden ist, dass ihre Analysetools dies können Aus einem Meer von Daten wird genetisches Gold - ein Wirkstoffziel, sagen wir, oder eine DNA-Variante, die das Krankheitsrisiko stark vorhersagt - herausgefischt. Entdeckungen, die durch solche Suchen gemacht werden, gehören den Eigentümern der Daten.

"Auf dem lokalen Universitätsserver könnte es Monate dauern, eine rechenintensive Analyse durchzuführen", sagte Alzheimer-Projektleiter Dr. Gerard Schellenberg von der University of Pennsylvania. "Bei Amazon ist es, 'wie schnell brauchst du es?", Und sie tun es. "

Ein weiteres Verkaufsargument ist die Sicherheit. Universitäten sind "im Allgemeinen ziemlich porös", sagte Ryan Permeh, Chefwissenschaftler der Cybersecurity-Firma Cylance Inc. aus Irvine, Kalifornien, und die Sicherheit der Computer der Bundesregierung ist "nicht an der Spitze der Klasse."

Während akademisch und Pharmaforschungsprojekte sind die größten Kunden für Genomics Cloud-Dienste, sie werden in den nächsten 10 Jahren von klinischen Anwendungen überholt werden, sagte David Glazer, Director of Engineering bei Google Genomics.

Einzelne Ärzte werden regelmäßig auf einen Cloud-Dienst zugreifen, um zu verstehen, wie das genetische Profil eines Patienten sein Risiko für verschiedene Krankheiten oder seine mögliche Reaktion auf Medikamente beeinflusst.

"Wir sind jetzt an diesem Übergangspunkt", sagte Glazer.

Matt Wood, Englisch: bio-pro.de/en/region/stern/magazin/...2/index.html Der General Manager für Data Science bei Amazon Web Services sieht die Cloud - Nachfrage in der Genomik nun als "perfekten Sturm", da die Datenmenge, die Notwendigkeit der Zusammenarbeit und der Wechsel der Genomik in die klinische Versorgung sich beschleunigen DNA und Daten sagen ohne Zugang zur Wolke, moderne Genomik würde zum Stillstand kommen.

Bioinformatik-Experte Dr. Atul Butte von der Universität von Kalifornien, San Francisco, sagte, dass jetzt, wenn Forscher an verschiedenen Universitäten gemeinsam am NIH arbeiten und andere genomische Daten, müssen sie nicht herausfinden, wie sie ihre Computer miteinander reden lassen. Im März ebnete NIH den Weg für wichtige Cloud-Forschungen, als es Wissenschaftlern ermöglichte, wichtige genomische Daten hochzuladen.

"Meine Antwort war, es ist an der Zeit", sagte Butte.

(Bericht von Sharon Begley und Caroline Humer; Bearbeitung von Michele Gershberg und John Pickering)